Wieś Ustrobna istnieje dopiero od 1446 roku. Warto wiedzieć, że w 1855 roku ks. Henryk Zaremba Skrzyński nabył od Henryka Kurdanowskiego wieś Ustrobną na własność. Po jej zakupie, zamieszkał w niej i w 1860 roku jako główny fundator rozpoczął budowę kościoła. Poświęcenie kamienia węgielnego odbyło się 13.06.1860 roku. Budowa kościoła trwała bardzo długo, bo aż 17 lat. Poświęcenie kościoła odbyło się w 1877 roku. Dokonał go ks. Ignacy Łobos, kanonik Kapituły Katedralnej w Przemyślu, późniejszy Biskup Tarnowski.
Wspomniany fundator sprawił też ołtarz główny, przedstawiający Golgotę: Chrystus ukrzyżowany, rzeźbiony w Monachium, figury Matki Bożej Bolesnej i św. Jana Apostoła, wykonane w pracowni Franciszka Wyspiańskiego - ojca poety, oraz dzwony wykonane pracowni Wienner Neustadt. Imiona dzwonów: św. Jan Kanty (328 kg), Matki Bożej Wspomożenia Wiernych (283 kg), św. Franciszek Ksawery (186 kg). Dzwony te zostały zrabowane w 1917 roku przez wojska austriackie.
Praktycznie do końca XIX wieku Ustrobna należała do parafii Szebnie. Od 1880 roku staje się ekspozyturą. Rozpoczęto wtedy budować plebanię, a w 1881 roku założono cmentarz grzebalny. Od 1882 roku rozpoczęto pisać księgi metrykalne. Pierwszym współpracownikiem ks. H. Skrzyńskiego był ks. Stefan Wawro (1880-1887). Na uposażenie kościoła, probostwa i organistę wspomniany fundator sprzedał ziemię.
W dniu 15.11.1888 roku biskup Łukasz Solecki wydał dekret erekcyjny parafii, ale nie wszedł on w życie, ponieważ brakowało kolatora. W 1895 roku kolatorem stał się Stanisław Strowieyski z Bratkówki, ojciec bł. Stanisława Starowieyskiego. I tak w dniu 05.10.1895 roku erygowano parafię. Pierwszym proboszczem został ks. Michał Goryl (1895 - 1911).
Fundator kościoła zmarł 17.04.1903 r. w Krakowie i został pochowany w podziemiach kościoła w Ustrobnej. Dnia 23.05.1903 roku kościół konsekrował biskup Józef Sebastian Pelczar, Ordynariusz Przemyski, dziś czczony jako święty. Pierwszorzędnym patronem kościoła i parafii został św. Jan Kanty.
W czasie drugiej wojny światowej, w 1943 roku kościół został zniszczony w 60% i obrabowany. Po wojnie przystąpiono do odbudowy świątyni. W latach 1967-1969 wybudowano nową plebanię. Wieś Bratkówka została przyłączona do parafii Ustrobna w dniu 16.10.1975 roku, zaś wieś Bajdy 29.01.1982 roku.
Ojciec św. Jan Paweł II w Warszawie 13.06.1999 roku beatyfikował bł. Stanisława Starowieyskiego, jednego z 108 męczenników II wojny światowej, który urodził się 11.05.1895 roku w Ustrobnej.
